Les pêcheries d’anguilles se sont développées dans de nombreux écosystèmes et adaptées aux différents comportements de l’espèce.
Ces pêcheries se rencontrent sur les grands fleuves comme La Loire, comme le système fluvio-estuarien de la Gironde – Garonne – Dordogne, de l’Adour, mais aussi sur de nombreux affluents ou des rivières côtières comme La Vilaine, les rivières de Charente, mais aussi des lacs comme celui de Grand-Lieu ou de marais doux et salés.
Les anguilles jaunes se dispersent dans les parties fluviales, mais peuvent retourner dans les parties estuariennes et parfois marines. C’est au moment de leur diffusion soit pour se nourrir soit pour trouver de nouveaux territoires dans les fleuves et les rivières qu’elles peuvent être capturées par des nasses, des verveux ou des cordeaux.
A l’époque de la migration, après les premiers coups d’eau, les anguilles argentées vont migrer vers l’aval puis vers la mer. Dans les grands fleuves comme La Loire, elles sont capturées par des guideaux ou dideaux, dont le nombre est en constante diminution. Ces engins interceptent plutôt des grosses anguilles qui sont en grande majorité des femelles alors que sur les parties basses des fleuves ou des rivières, les nasses capturent des anguilles plus petites et en grande majorité des mâles.
Dans les lacs comme le lac de Grand-Lieu, par exemple,les écosystèmes sont très diversifiés. Le lac de Grand-Lieu est classé réserve naturelle nationale et régionale. Il est classé zone humide d’importance internationale par la convention de Ramsar. Sa superficie est très variable passant de 3700 ha en été à 6500 ha en hiver. On y trouve des eaux libres, des roselières boisées, des prairies humides et des herbiers flottants qui permettent à l’anguille d’y prospérer du stade civelle au stade anguille argentée.