Elle est pêchée dans des écosystèmes très variés: lacs, lagunes méditerranéennes, ruisseaux, marais, doux et salés, fleuves, estuaires, baies et bassins côtiers. Cette espèce présente une remarquable adaptation aux variations de salinité et les études effectuées sur ses otolithes (petites concrétions calcaires situées dans l’oreille interne du poisson) montrent que les individus peuvent après avoir colonisé les eaux douces, repartir vers des eaux saumâtres ou bien encore plus salées et revenir ensuite vers les eaux douces. Cette remarquable plasticité de son comportement de migration lui permet de coloniser de nombreux environnements dès lors qu’elle ne trouve plus dans un milieu donné les conditions optimales pour assurer sa croissance et sa survie. Cela nécessite bien évidemment qu’on lui assure une continuité écologique entre les différents habitats qu’elle peut coloniser. Ceci n’est pas souvent le cas, et elle rencontre depuis le milieu du siècle dernier de plus en plus d’obstacles hermétiques et de grandes hauteurs. L’entretien des zones humides n’est plus souvent assuré et ces terres ont souvent été considérées dans les parties estuariennes comme des zones à conquérir et à urbaniser, dans les parties moyennes des fleuves des zones à drainer. Les fleuves et rivières sont de plus en plus endigués pour lutter contre la montée des eaux ce qui limite les liens entre le fleuve et les annexes hydrauliques qui sont des systèmes aquatiques primordiaux pour la production d’anguillettes.

Les pêcheurs professionnels ont de tout temps exploité ces divers milieux  et adapté leurs outils de capture aux écosystèmes explorés. Ainsi dans les affluents de petites largeurs, la bosselle, le cordeau (ligne de fond  pourvue d’un nombre limité d’hameçons) sont utilisés ; le verveux sera placé sur les bords de rivières ou de lacs, les filières de nasses seront ancrées à l’embouchure des fleuves;  les capetchades (verveux placés derrière un filet barrage) seront disposées dans les lagunes méditerranéennes. Tous ces engins  élaborés depuis des temps anciens capturent des anguilles de différentes tailles alors qu’elles sont en migration trophique ou bien lorsqu’elles passent temporairement d’un écosystème à un autre. Si l’on excepte le cordeau, ces engins de pêche relevés régulièrement, bien que non sélectifs,  permettent de relâcher les prises sous la taille réglementaire ou non désirées dans de bonnes conditions.