Les pêcheries de civelles se sont développées dans les parties estuariennes et soumises à l’avancée de la marée. La migration se fait dans des estuaires ouverts comme sur La Loire, sur la Gironde ou sur l’Adour, mais aussi se trouve bloquée par des barrages comme celui d’Arzal sur La Vilaine.

Les eaux estuariennes peuvent être claires comme celles de l’Adour ce qui bloque la remontée de la civelle en surface et diminue sa capturabilité par les engins de pêche. Elles peuvent être turbides comme celles de La Loire ou de la Gironde, ce qui permet la remontée, même de jour, des civelles en surface. Plus en amont, les civelles se répartissent près des berges et se concentrent parfois, suivant les conditions hydrologiques, dans des endroits de calme où elles peuvent être capturées par des tamis à main.

Les civelles peuvent également être capturées sur le littoral. C’est le cas sur la côte des Landes où certains pêcheurs pratiquent la pêche dite « à la vague » et capturent avec un tamis à main les civelles qui sont prises dans les rouleaux en bord de mer. La pêche de la civelle se pratique également en pleine mer dans la zone des pertuis charentais. La pêche ne se pratique plus avec un tamis à main, mais par des navires armés par deux pibalours qui filtrent les eaux côtières.